净化车间尽量能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰。净化车间的大小依需要而定，一般由更衣间、缓冲间、风淋室和操作间组成。在实施净化工程时，一般从建筑平面布置、食品车间结构、车间地面、通风孔器净化设备、照明等几个方面来考虑。
1.建筑平面布置。建筑平面设计各净化操作间集中设置独立前室为气闸，实验室的人流经过更衣室更衣换鞋→清洗间洗手→缓冲间→风淋室→各操作室。食品/饮料无菌洁净车间物流由外走廊经过机械连锁自消毒传递窗消毒后进入缓冲走廊后再经过传递窗进入各操作室。
2.净化工程结构。根据《洁净厂房设计规范》车间的墙体和吊顶必须采用不产尘、不积尘表面平滑的材料施工，并且不能在车间中存在死角。
3.净化工程.照明系统。洁净区应采用吸顶式净化灯具，非洁净区采用普通荧光灯。设计各房间内照明，紫外灯独立控制，并均由电气控制箱控制，再由总配电柜集中控制;室内照明均采用密闭照明灯组;插座盘均采用嵌入式;室内无明线敷设。
4.净化工程地面。地面采用溶剂型环氧树脂，表面密实，无起沙、空鼓、裂缝。颜色艳丽，防静电性能恒久不变，可承受中等以下载荷，耐高温。
5.净化工程通风空气净化设备。洁净厂房设计，按照规范要求，设计送回风系统。